منظور از غیبت امام دوازدهم(عج) پنهان شدن آن حضرت در غار و زندگی دور از مردم نیست، بلکه آن حضرت در بین مردم زندگی و رفت و آمد می‌کنند و همانند دیگر افراد جامعه، یک زندگى عادى دارند، حضرت مردم را می‌بینند و آنها را می‌شناسند مردم نیز حضرت را می‌بینند، اما ایشان را نمی‌شناسند و نمی‌دانند که ایشان همان حضرت مهدی موعود(عج) هستند تا وقتی که زمان ظهور فرا برسد و ایشان خود را به عنوان امام و پیشواى شیعیان جهان، به مردم معرّفى خواهند کرد؛ زیرا امر غیبت و ظهور حضرت مهدی به اراده و فرمان الهی است و هر گاه خدای تعالی اراده فرماید واقع خواهد شد.
غیبت امام علاوه بر حفظ جان امام مهدی(عج) علت‌ها و حکمت‌های دیگری نیز دارد از جمله:

1. ایجاد زمینه اجرای احکام الهی در جامعه.

2. امیدبخشیدن به مؤمنان و منتظران

3. تربیت و خودسازى؛ در روایات زیادی بیان شده است که؛ امام زمان(عج) در دوران غیبت به‌طور مداوم مراقب حال پیروان خویش است.

4. پاسدارى آیین خدا در جلو گیری از آمیختن آن با سلیقه‌ها و افکار شخصى.

5. امام زمان(عج) در زمان غیبت همچون خورشید پشت ابر است که مردم از برکات و هدایت‌های پنهان و آشکار امام زمان (عج) بهره‌مند هستند.